غالبًا ما يكون العقم عند الرجال بسبب المشاكل التي تؤثر على إنتاج الحيوانات المنوية أو حركتها، والتي تتبين من خلال الفحص الطبي، فحوالي ثلثي الرجال المصابين بالعقم لديهم مشكلة في تكون الحيوانات المنوية في الخصيتين، إما أن تكون هناك أعداد قليلة من الحيوانات المنوية أو الحيوانات المنوية التي يتم إنتاجها لا تعمل بشكل سليم، ومن أهم تلك الأسباب ما يلي:
الإصابة بدوالي الخصية يؤثر في إنتاج الحيوانات المنويّة ونموها الطبيعي؛ بسبب منع التصريف للدم من الخصيتين بالإضافة إلى أنه يؤدي إلى زيادة درجة حرارة الخصيتين، فيؤدي إلى التأثير أيضًا في إنتاج الحيوانات المنويّة، وبالتالي يُقلل من فرص حدوث حمل.
يوجد الكثير من الأنابيب الدقيقة التي تقوم بنقل الحيوانات المنوية عبر الجهاز التناسلي للرجل. ففي حالة حدوث عيب خلقي تسبب بعدم نمو أحد هذه الأنابيب الدقيقة أو أكثر؛ فيؤدي ذلك إلى حدوث عقم.
كما يمكن أن يحدث العقم في حال وجود انسداد في أحد هذه الأنابيب الدقيقة سوءاً كان ذلك داخل الخصيتين أو في أي من المناطق الأخرى التي تعبر من خلالها الحيوانات المنوية، مثل: الإحليل، والبربخ، والقنوات الدافقة، والأسهر. ومن الأسباب التي تؤدي إلى انسداد تلك الأنابيب، مثل: المعاناة من مرض التليف الكيسي، والخضوع لعمل جراحي أو التعرض لإصابة في تلك المنطقة.
يوجد أورام مختلفة من السرطان يمكنها أن تصيب الخصيتين، أو أنابيب نقل الحيوانات المنوية مباشرة أو التسبب باضطرابات هرمونية تؤدي إلى منع إنتاج الخلايا المنوية الواجبة لحدوث حمل.
الملوثات تُؤثر في القدرة على إنتاج الحيوانات المنوية، وبذلك تنتج ندب تسد القنوات وتمنع انتقال الخلايا المنوية داخلها. مثل: الزهري، والكلاميديا، والتهابات غدة البروستاتا، وتلف الخصية بسبب مرض معين، والتهابات المسالك البولية وأعضاء الحوض.
يوجد لدى البعض نزول خصية واحدة أو كلتيهما إلى كيس الصفن في الوقت المناسب للنمو مما يؤدي إلى تطوير وظيفة غير طبيعية للخصية تمنع حدوث الحمل الطبيعي، وتسبب العقم.